Okupio je reprezentativnu ekipu glumaca iz Zagreba, Splita, Ljubljane, Novog Sada i Sarajeva, koji su stvarali novo pozorište visokog literarnog i scenskog nivoa – Viktor Starčić, Milan Ajvaz, Karlo Bulić, Marija Crnobori, Branko Pleša, Rahela Ferari, Milivoje Živanović, Mira Stupica, Stevo Žigon, Bert Sotlar, Branka i Mlađa Veselinović, Petar Slovensk. U tom periodu Bojan je ostvario sedamnaest režija u JDP-u. Njegove inovativne predstave su imale velikog odjeka u to vreme socrealističkog diktata, i uspeh mu nije oprošten. 1952. godine Bojan je smenjen, praktično oteran iz svog pozorišta, odlukom upravnika Mime Dedinca.

 

Otišao je u Ljubljanu i snimio film „Jara gospoda“ (1953). Godinu dana kasnije „Dundo Maroje“, u Bojanovoj režiji, pozvan je na gostovanje na Festival nacija, u pozorište „Sara Bernar“ u Parizu. Predstava je doživela veliki uspeh i bila obasuta pozitivnim utiscima francuske kritike. Ta predstava je išla na brojna gostovanja po evropskim pozorištima. Godine 1955. Bojan prelazi u Zagreb, na poziv HNK, i tamo provodi tri sezone ponovo uspešno režirajući.

 

 

Od 1959. godine Bojan je neumorno radio. Režirao je u Narodnom pozorištu, „Bošku Buhi“ i novoosnovanom Ateljeu 212. Atelje je tada još bio u malom nepodesnom prostoru i Bojan je odlučio da se izbori za novi, bolji prostor i da formira stabilno jezgro budućeg pozorišta. Okupio je Taška Načića, Ružicu Sokić, Boru Todorovića, Branku Petrić, Petra Banićevića i druge glumce i uz brojne peripetije, projektovao i otpočeo sa gradnjom zgradu novog pozorišta – Ateljea 212. Sa Radošem Novakovićem bio je prvi rukovodilac, a potom je to mesto preuzela Mira Trailović.

 

Od 1964. godine prešao je u slobodne umetnike, a 1968. godine ponovo postaje upravnik JDP-a. Iste godine doveo je u to pozorište grupu glumaca koje i danas zovu „Bojanove bebe“: Gojko Šantić, Tanasije Uzunović, Milan Gutović, Josif Tatić, Slobodan Đurić, Ivan Bekjarev, Đurđija Cvetić, Svetlana Bojković, Mirjana Vukojčić, Branko Cvejić.

 

 

Posle niza problema koji su ga pratili tokom celog života, ponovo režira i gradi svoje treće pozorište, koje će posle njegove smrti, 1970. godine, poneti njegovo ime – „Teatar Bojan Stupica“. Za šezdeset godina života Bojan je stigao da režira 116 predstava u domaćim i 14 u inostranim pozorištima, dva igrana filma, napravio je 140 scenografija, sagradio i postavio na noge tri pozorišta, odigrao pet filmskih i 37 pozorišnih uloga.

 

Bio je nekonvencionalan, buntovan, odvažan i samosvestan. Posle političke zabrane predstave „Kad su cvetale tikve“, zdravlje mu je naglo popustilo. Kratko je bolovao, lečio se delom u Londonu. Preminuo je u 60. godini, 22. maja 1970. godine u Beogradu.